RIB00108
 HATODAS Heavy-atom Database System



Heavy-atom Database System (HATODAS) is a WWW-based tool designed to assist the heavy-atom derivatization of proteins. The conventional procedure for the preparation of derivatives is usually a time-consuming `trial-and-error' process. The present program provides a solution for this problem using a database of known heavy-atom derivatives. A database search suggests potential heavy-atom reagents for any target protein based on its amino-acid sequence and crystallization conditions. A mining of the database identified 93 preferred motifs for heavy-atom binding. The motifs are observed frequently at the actual heavy-atom-binding sites encountered in the process of structure determination.
HATODAS ver.1  Heavy-atom Database System: a tool for the preparation of heavy-atom derivatives of protein crystals based on amino-acid sequence and crystallization conditions. Acta Crystallographica Section D61, 1302-1305, (2005).
HATODAS ver.2  HATODAS II - heavy-atom database system with potentiality scoring. Journal of Applied Crystallography, 42, 540-544. (2009).
CRIB00108U000003
タンパク質とは?

タンパク質は、生物の基本ユニットである20種類からなるアミノ酸が遺伝子情報に従ってペプチド結合により鎖状につながってできた生体高分子です。20種類のアミノ酸がどのような順序で幾つつながるかによってタンパク質の性質が決まり、さまざまなはたらきをすることができます。この順序と数(配列)の情報は遺伝子に書き込まれていますが、正しくタンパク質が働くためには、翻訳機械(リボゾーム)でポリペプチド鎖(長いペプチド鎖)として翻訳後、この鎖が空間的に一定のかたちに折りたたまれ、3次元的な広がりを持つ決められた立体構造をもってはじめて機能を発揮できます。
タンパク質のかたちは、4つの階層構造で考えることができます。遺伝子情報から決まるアミノ酸配列のレベル(一次構造),アミノ酸の連なったペプチドが作るα-ヘリックスやβ-シートなどの特徴的な構造のレベル(二次構造),α-ヘリックスや、β-シートの二次構造の配向をふくめてタンパク質を作っているポリペプチド鎖1本が空間的に作るかたちのレベル(三次構造)があります。また、タンパク質によっては、複数のポリペプチド鎖が集まってできるより大きなレベルの構築構造(四次構造)を形成するものもあります。

Protein

Date last modified 2010-09-16
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Protein
has_UniProtID
Attribution update
  C-Terminal HPt domain of ArcB
ARCB_ECOLI
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u2i 2011-08-16
  Xylose isomerase
XYLA_THETU
XYLA_STRRU
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u3i 2011-08-16
  Merp
MERP_SHIFL
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u4i 2011-08-16
  Pyrr
PYRR_BACSU
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u5i 2011-08-16
  PROTEINASE K
PRTK_TRIAL
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u6i 2011-08-16
  LYSOZYME
LYS_BPT4
LYSC_CHICK
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u7i 2011-08-16
  TRANSDUCIN
GBB1_BOVIN
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u8i 2011-08-16
  Design of a minimal protein
OPSD_BOVIN
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u9i 2011-08-16
  Calmodulin
CALM_PARTE
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u10i 2011-08-16
  INOSITOL MONOPHOSPHATASE
IMPA1_HUMAN
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u11i 2011-08-16
  metabotropic glutamate receptor
GRM1_RAT
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u12i 2011-08-16
  DNA-(APURINIC OR APYRIMIDINIC SITE) LYASE
APEX1_HUMAN
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u13i 2011-08-16
  M32 carboxypeptidase
http://www.uniprot.org/uniprot/Q8U3L0
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u14i 2011-08-16
  ELASTASE 1
CELA1_PIG
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u15i 2011-08-16
  Orphan nuclear receptor NURR1
NR4A2_HUMAN
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u16i 2011-08-16
  baseplate structural protein gp8
VG08_BPT4
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u17i 2011-08-16
  Cytolethal distending toxin
CDTA_HAEDU
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u18i 2011-08-16
  HALOALKANE DEHALOGENASE
DHLA_XANAU
LINB_PSEPA
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u19i 2011-08-16
  CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR
MPRI_HUMAN
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u20i 2011-08-16
  CYTOCHROME P450 55A1
NOR_FUSOX
https://database.riken.jp/sw/item/crib108u3rib108u21i 2011-08-16
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